매크로파지는 T세포가 생산하는 사이토카인을 받아 활성화된다.사이토카인이란 항원과 접촉한 T세포 및 일부 다른 백혈구가 생산하는 물질을 말하며, 주요 표적은 매크로파지이다.사이토카인은 다양한 단백질로 이루어지며, 대식세포 기동요소(maf), 대식세포 유주저지인자(mmif), 면역복합물, c3b, 다양한 펩타이드, 다당류, 면역보조 등이 존재한다.
어떤 종류의 사이토카인은 단구의 성숙을 촉진하고, 매크로파지를 증식시켜 탐식작용을 활성화한다, 또 어떤 것은 매크로파지를 모아 항원을 공격하게 한다.이러한 기능에 의해 염증 반응이 강해진다.

매크로 퍼지 활성화 분류는 현재 적어도 2종류 존재하는 것으로 알려져 있다.LPS와 IFN-g에 의한 고전적 활성화(M1)와 IL-4나 IL-13에 의한 선택적 활성화(M2)이다.M1 매크로파지는 주로 염증을 촉진시키지만 M2 매크로파지는 주로 염증을 억제·수렴시킨다.
일반적으로 우선 M1이 먼저 유도돼 이물질이나 병원체 등을 염증 모두 공격하고 M2가 뒷정리 및 브레이크를 하는 구조이다.이 때문에 M2는 억제성 인터루킨 IL-10이나 TGF-β와 같은 제어성 사이토카인을 산출한다. 매크로파지가 방출하는 사이토카인은 혈관 세포에 작용하여 세포 간 간격을 넓힘으로써 혈액 속에서 면역 세포가 나오는 것을 촉진시키는 효과가 있다.

비만인에서는 지방세포에서 M1 매크로파지 활성화 인자가 유도되기 쉬운 것으로 알려져 있다.
그러나 보다 최근의 분류에서는 고전적 활성화 매크로파지, 창상 치유 매크로파지, 제어성 매크로파지의 3가지 혹은 그 중간적인 활성화 상태가 존재한다고 생각되고 있어 매크로파지 활성화의 다양성이 논의되고 있다(Nat revimmunol 2008 Vol.8958-969).